يترتب على ضم المعاهد الأزهرية تعيين جميع العاملين بها فى الوظائف المدرجة بميزانية الأزهر متى توافرت شروط شغلها إلا أن القانون رقم 16 لسنة 1999 أضاف حكماً جديداً مؤداه تعيين جميع العاملين بهذه المعاهد التى صدر قرار من شيخ الأزهر يشغلها سواء كانوا مدرسين أو إداريين أو عمالاً على أن يتم تأهيلهم

اختص المشرع الزائرات الصحيات بالمعاهد الأزهرية بحكم خاص ورد النص عليه فى قرار شيخ الأزهر رقم 361 لسنة 1992؛ حيث أجاز فى حالة الضرورة ندب زائرة صحية فى كل معهد أزهرى للإشراف الصحى على الطلاب أثناء تأدية امتحانات النقل

قرار مدير التعليم الابتدائي بالأزهر بتوزيع منهج القرآن الكريم على طلبة المرحلة الابتدائية.

بند الوظائف الدائمة ويشمل وظائف الادارة العليا والعاملين بمكتب فضيلة الامام الأكبر شيخ الجامع الأزهر.

صدور القانون رقم 42 لسنة 1977 بتصحيح أوضاع العلماء من حملة شهادة العالمية المؤقتة الصادرة ببراءة من الأزهر الشريف غير مسبوقة بالثانوية الأزهرية ومنحهم الحقوق المقررة للعلماء خريجى الأزهر بالبقاء فى الخدمة حتى سن الخامسة والستين .

تحديد المحاضرات والأساتذة المتخصصين اللازمين لسير الدراسة فى الكليات على الوجه الأكمل - من الأمور التى تترخص الادارة فى تقديرها.

أزهر - تقسيمه فى الميزانية الى وحدات مستقلة: الادارة العامة ثم الكليات ثم المعاهد الدينية ثم المجلة - نتيجة ذلك - نقل الموظف من احدى هذه الوحدات الى الاخرى

جماعة كبار العلماء - اختصاصها وحدها بمحاكمة علماء الأزهر إذا نسب إليهم طعن في الدين الإسلامي أو إنكار ما علم ضرورة منه أو سلوكهم سلوكاً شائناً - خروج هذه الأمور عن ولاية مجلس تأديب الموظفين.